อาชญากรรมและความกลัวกำลังระบาดไปทั่วท้องถนน เมื่อชเรดเดอร์ และลูกสมุนวายร้ายของเขาเข้าไปมีอิทธิพลกับทุกอย่างตั้งแต่ตำรวจจนถึงนักการเมือง อนาคตดูเหมือนจะมืดดำจนกระทั่ง สี่พี่น้องผู้รอดชีวิตจากการทดลองทางวิทยาศาสตร์ที่ผิดพลาด ได้ปรากฏตัวขึ้นจากทางระบายน้ำ และยอมรับชะตากรรมของพวกเขาในฐานะวีรบุรุษสวมหน้ากากผู้ปราบเหล่าร้าย เมื่อเผชิญหน้ากับแผนการร้ายที่จะครอบครองโลกของชเรดเดอร์ เหล่าเต่านินจาก็จะต้องร่วมมือกับนักข่าวสาวใจกล้า เอพริล โอ’ นีล (เมแกน ฟ็อกซ์) และตากล้องปากเปราะของเธอ เวิร์น เฟนวิค (วิล อาร์เน็ตต์) ในการช่วยเหลือประชาชนนิวยอร์กไว้ให้ได้